《摩斯拉2：海底大决战》是由三好邦夫导演的一部电影，主演包括小林惠、山口纱弥加、羽野晶纪、满岛光和野波麻帆。故事发生在沖縄的海中，一个类似海星的奇怪生物出现了。这个怪物释放毒液伤害了渔夫，并迅速在整个日本扩散。原来这个生物是尼莱加奈伊文明创造的生物净化系统，但却失控了，导致了尼莱加奈伊的灭亡，并预示着怪兽达格拉的复活。埃利亚斯姐妹察觉到地球的危机，来到石垣岛，并遇到了来自尼莱加奈伊的小生物哥哥。哥哥的尾巴上的装饰环告诉她们那里有宝物。她们还遇到了本土的偷猎者和保护哥哥的当地女孩。埃利亚斯姐妹得知尼莱加奈伊遗迹中有一件宝物可以打败达格拉的传说。少女们、埃利亚斯姐妹、黑色妖精贝尔贝拉和偷猎者们分别组队出海。在哥哥的引导下，尼莱加奈伊遗迹的金字塔从海中浮现出来。然而，当她们在寻找宝藏的时候，达格拉登陆石垣岛并开始肆虐。埃利亚斯姐妹召唤摩斯拉挑战达格拉。摩斯拉和达格拉在石垣岛上空展开空中战斗，然后又在金字塔附近的海底展开水下战斗。摩斯拉被擅长水战的达格拉拖入深海，并被无数贝雷姆寄生，使其失去了战斗能力。埃利亚斯姐妹拼命试图摘除寄生在摩斯拉身上的贝雷姆，但数量太多，简直没有尽头。摩斯拉陷入了绝境，宝物的发现变得迫在眉睫。少女们和偷猎者们通过遗迹中的陷阱，最终来到了一个大厅。在那里，尼莱加奈伊的公主的立体影像告诉她们，哥哥选择了女孩汐里作为宝物的主人。然而，这时达格拉又袭击了金字塔！在金字塔即将坍塌的时候，摩斯拉被哥哥的“命之水”力量拯救，摘除了寄生在身上的贝雷姆，并进化为彩虹摩斯拉，再次与达格拉战斗。状况迅速改变，这一次摩斯拉占据上风。当达格拉再次潜入海中时，摩斯拉变身成水底摩斯拉，战斗地点转移到了海底。摩斯拉用屏障挡住达格拉的攻击，并对其进行强力打击。随后，摩斯拉进入分身模式，从达格拉的体内消灭贝雷姆，终于击败了达格拉，然后达格拉和金字塔一起消失。摩斯拉从海中出来，恢复为原本的彩虹摩斯拉，返回到幼年岛，危机终于过去了。