在冯凯执导的《飞龙在天续集》中，故事背景设定在清朝咸丰年间，大清帝国逐渐衰落，西方列强借助强大的军事力量入侵中国。在这个动荡的时期，涌现出一段波澜壮阔的爱恨情仇故事，既有个人的恩怨纠葛，也有保家卫国的英雄壮举。 在台湾艋忠义堂，一代传承的武馆，传承着济弱扶倾的精神，赢得了地方百姓的尊敬。然而，武馆的大弟子魏永来却因心胸狭隘，追求名利，最终背叛师门投靠清廷，并誓言要报复。他以叛逆罪名带领朝廷大军攻打忠义堂，馆主为保护弟子们逃生而牺牲，忠义堂在一夜之间被毁。 黄万里赶回师门时，却发现师父已逝、师兄弟们下落不明，仇家是谁也不得而知。他开始在全台湾各地流浪，调查事件的真相，但却一直没有线索。心灰意冷之下，他隐姓埋名，成为鸡笼一位富商徐老爷家的护院。 与徐家的小姐惠娘日久生情，两人私下结下爱情的果实，生下了一子。然而，徐老爷得知后大怒，派人将万里杀害，并将孙子放在河里放逐，惠娘在打击之下精神错乱，被徐老爷带回福建，从此杳无音讯。 然而，万里并未真正死去，他被一位富家女林阿雪所救。伤愈后，他决定重建忠义堂，并娶阿雪为妻。多年后，台湾面临法兰西国的威胁，局势紧张。此时，万里已经将忠义堂经营得十分兴旺，并培养了自己的儿子黄飞虎，成为北台湾的一位少年英雄。 万里的连襟林逢春是一位富商，有一个女儿林玉红在日本留学，儿子林玉树则在忠义堂学习武艺。玉红从日本学成归来，回到台湾。在菜市场，她见到一个人口贩子虐待奴隶阿牛，心生怜悯，买下阿牛带回家。 林逢春不满女儿带回一个乞丐，欲赶阿牛出门。玉红请姨丈万里收留阿牛，阿雪早有意撮合飞虎与玉红，但玉红却对阿牛百般关心。飞虎心生嫉妒，某天发现阿牛偷学武功，决定施以家法，将阿牛赶出忠义堂。 阿牛表示自己想学武功，乞求万里收他为徒，飞虎提出一个艰难的挑战，若阿牛能抱起大院中的火烫鼎炉，他就可以加入忠义堂。阿牛一言不发，用他的天生神力一把抱起鼎炉，震惊众人。 在这时，万里发现阿牛胸膛上的红色胎记，他意识到阿牛正是他与惠娘所生的儿子，终于与失散多年的儿子重逢。故事的发展曲折离奇，阿牛的身份真相是否会被揭露？飞虎、阿牛和玉红之间的三角关系将如何发展？魏永来重新出现在江湖，他竟然成了台湾府总兵，而惠娘成了总兵夫人。忠义堂当年失散的弟子后人陆续现身，这些英雄们将会展开哪些惊心动魄的故事？在这其中，又隐藏着什么样的秘密？法兰西人最终侵略台湾，谁能力挽狂澜，拯救百姓于水深火热之中？这些故事将持续展开，带来更多的惊喜和感动。