《星学院3之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部。故事讲述了菲洛、小月和美星三位魔法少女加入潘朵拉奇幻社的经历。在星学院的学习中，她们成长为优秀的魔法师，并即将面临毕业考核。然而，一场魔卡精灵失踪事件卷入了她们。
同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，这些事件背后似乎隐藏着十年前一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入极光组成为潘朵拉奇幻社的一员。
他们来到神秘而古老的地方——潘朵拉秘境，在这里他们遇到很多挑战和困难，并发现很多不同种类且强大无比的魔法生物以及各种珍稀药材等资源。菲洛等人也将利用自己所掌握到技能去对抗那些强大无比又凶残异常得生物。
在探索过程中, 他们解开谜题并找到真相, 最终使得整个王国恢复平静与安宁.